故事围绕1999年拳皇大会展开。本次大会采用全新对战形式“Striker Match”，引发参赛格斗家的困惑。与此同时，希顿上校怀疑大会存在阴谋，派遣莉安娜等人进行调查，揭露神秘组织N.E.S.T.S.的暗中活动
